A la hora de establecer la calidad de los ecosistemas acuáticos y para conseguir el buen estado ecológico debemos contemplar diversos factores.
Dentro de los elementos o indicadores biológicos se encuentran la flora acuática (fitoplancton, macrófitos y fitobentos), invertebrados y peces. De los indicadores acerca de la morfología del río destacan el régimen hidrológico, la continuidad y las condiciones morfológicas y, por último, de los elementos físico-químicos destacan los generales (temperatura, nutrientes, oxígeno, etc.) y los específicos.
